Para pasar peliculas o vídeos en formato WMV a AVI en Ubuntu, lo primero es instalar desde Synaptic:
mencoder que es el programa que nos va a dar la utilidad
También podemos descargar
iriverter (es un interfaz para mencoder). Su web es http://iriverter.thestaticvoid.com/
Ya solo con mencoder se puede obtener la conversión y a buena resolución abriendo un terminal y escribiendo:
mencoder -vf scale=1280:1024 -o video.avi -ovc lavc -oac mp3lame video_a_convertir.wmv
Lanzamos en comando y comenzará a realizar la conversión que se lleva un buen rato. El comando lo he obtenido de Noticias Ubuntu donde también explican las opciones del mismo.